Yönetim Kurulu bir Başkanla beş üyeden oluşur.
Büyük Şehir Belediye Başkanı Yönetim Kurulunun başkanıdır. Belediye Başkanının bulunmaması halinde, Genel Müdür Yönetim Kuruluna başkanlık eder. 
Genel Müdür ile Genel Müdür Yardımcılarından hizmette en eski olanı, hizmette eşitlik halinde yaşlı bulunan Yönetim Kurulunun tabii üyesidirler. Yönetim Kurulunun diğer üç üyesi Balıkesir Büyük Şehir Belediye Başkanının teklifi ve İçişleri Bakanının onayı ile atanır.

Yönetim Kuruluna atanan üyelerin hizmet süresi 3 yıldır. Süresi dolanlar yeniden atanabilirler. Bir üyeliğin herhangi bir sebeple boşalması halinde, yerine atananlar daha önceki üyenin süresini tamamlarlar. Yönetim Kuruluna atanacak olanların BASKİ'nin konusuna giren teknik işlerde, yöneticilikte veya işletmecilikte uzmanlaşmış bulunmaları ve uzmanlıklarına uygun yüksek öğrenim görmüş olmaları gerekir.
Üyeler, Devlet memurlarına ilişkin mevzuatta yer alan istisnalar dışında, özel ya da kamu sektöründe başka bir görev alamazlar. Genel, katma ve özel bütçeli idarelerin, kamu iktisadi teşebbüslerinin kadrolarından yönetim kuruluna getirilenler asıl görevlerinden maaşsız izinli sayılırlar. Bu kimselerin memuriyetleri ile buna ait her türlü hak ve yükümlülükleri saklıdır. İzinli oldukları müddet, terfi ve emekliliklerinde fiili hizmet olarak hesaba katılacağı gibi bunlardan izinli oldukları sırada terfi hakkını kazananlar, başkaca hiçbir işleme gerek kalmaksızın terfi ettirilirler.
Yönetim Kurulu üyelerinin ücretleri izinli sayıldıkları kurumlarda ellerine geçen ücretlerden daha az olursa, aradaki fark tazminat olarak kendilerine ödenir.

YÖNETİM KURULUNUN TOPLANMA VE ÇALIŞMA ESASLARI: 
Yönetim Kurulu, olağan olarak her hafta, belirli günlerde toplanır. Toplanma, salt çoğunluğun sağlanması ile olur. Kararlar oy çokluğu ile alınır. Çekimser oy kullanılamaz. Oylar eşit olursa başkanın bulunduğu tarafın oyu üstün sayılır. Kararlar gerekçeli olur. Kararda karşı oy kullananlar gerekçelerini belirtirler. Yönetim Kurulu Genel Kurulca kararlaştırılan yatırımları kısıtlayıcı kararlar alamaz.
             
YÖNETİM KURULUNUN GÖREVLERİ

• Kuruluş amacına uygun olarak BASKİ'nin çalışmasına ilişkin esasları tespit etmek ve bunların Genel Müdürlükçe uygulanmasını izlemek,
• Genel Müdürlükçe hazırlanacak yönetmelik, bütçe, bilanço ve kadro taslaklarına ilişkin önerilerin ön incelemelerini yaparak Genel Kurulu sunmak, 
• Yıl içinde bütçenin madde ve fasılları arasında aktarma yapmak,
• Beş yıllık ve yıllık yatırım plan ve programlarını inceleyip Genel Kurula sunmak,
• Genel Müdürlükçe önerilecek satma, satın alma ve ihale işlemlerini karara bağlamak ve her bütçe yılında Genel Müdürlükçe yapılabilecek alım, satım ihale ve kira bedellerinin üst sınırını belirleyerek Genel Müdüre yetki vermek,
• Genel Müdürlükçe önerilecek kamulaştırma işlerini karara bağlamak,
• Genel Kurulca verilecek yetki çerçevesinde yurt içi ve yurt dışı borçlanmaları karara bağlamak, 
• Hizmetin gerektirdiği düzenlemeler hakkında Genel Müdürlükçe yapılacak önerileri inceleyip karara bağlamak,
• 10 yıldan az süreli veya yıllık 10 milyon TL.'dan az bedelli kiralama, kiraya verme veya intifa sözleşmeleri için Genel Müdüre izin vermek,
• Dava değeri 100 000 TL.'nın altında olan davaların sulhen ortadan kaldırılmasını kararlaştırmak, 
• Genel Müdürlükçe hazırlanan su satışı ve kullanılmış suların boşaltılmasına ilişkin tarifeleri tespit ederek Genel Kurulun onayına sunmak, 
• Hizmetlerin ekonomik verimlilik ilkelerine göre yürütülmesi için gerekli önlemleri saptamak, yetkisi içinde olanları almak, yetkisi dışında olanları ilgili kurum ve mercilere iletmek,
• Genel Müdürün önerisi üzerine Teftiş ve Kontrol Kurulu Başkanı, 1 inci Hukuk Müşaviri, daire başkanları Uzman Tabip, daire başkan yardımcıları, müdürler, teknik elemanlar, avukatlar ve müfettişlerin atama, nakil, terfi ve işten çıkarılmaları hakkında karar vermek ve sözleşmeli personelin işe alınmalarını onaylamak, 
• Gerektiğinde Genel Kurulun olağanüstü toplantıya çağrılması konusunda Balıkesir Büyük Şehir Belediye Başkanına öneride bulunmak,
• Genel Müdürlükçe önerilecek diğer konuları inceleyip karara bağlamak.